Theo sách Lịch sử Phật giáo Đàng Trong, thì có lẽ chùa được dựng ở khoảng giữa thế kỷ 18, tức cùng thời với chùa Khải Tường, chùa Từ Ân, chùa Giác Lâm, khi mà chúa Nguyễn Phúc Khoát chính thức xưng vương (1744), biến lãnh thổ Đàng Trong thành một nước ngang hàng với Đàng Ngoài do chúa Trịnh nắm quyền [2].

Nhưng hiện vẫn chưa biết rõ vị sư nào khai sơn chùa Tập Phước, chỉ có thể biết chắc là ngôi chùa đã có từ thời thiền sư Pháp Nhân-Thiên Trường (đời 36, phái Lâm Tế). Vì trong khoảng thời vị sư này làm trụ trì, có lần (khoảng năm 1776-1779) trên bước đường trốn chạy quân Tây Sơn, chúa tôi Nguyễn Phúc Ánh (về sau là vua Gia Long) đã phải vào đây ẩn trú [3].

Tuy nhiên, có nguồn lại cho rằng chùa Tập Phước do nhà sư Toàn Tánh-Chánh Đắc[4] (đời 37, phái Lâm Tế), từ Quảng Nam đến dựng vào những năm dưới đời chúa Nguyễn Phúc Khoát. Và ban đầu, chùa chỉ là một thảo am nhỏ, đến năm 1801, nhà sư trên mới chính thức làm lễ thành lập chùa. Ngoài ra, khi tìm hiểu ai là người đã dựng lên ngôi chùa này, GS. Nguyễn Lang (tức Thiền sư Thích Nhất Hạnh) cũng có ý kiến khác, sẽ nói rõ ở phần "nghi vấn".

Tiếp nối nhà sư Chánh Đắc, là các đời trụ trì: Hòa thượng Phước Tường (đời 38), Hòa thượng Huệ Thành (đời 39), Hòa thượng Hoằng Trí (đời 40), Hòa thượng Hoằng Giáo (đời 41) và Đại đức Thiện Duyên (đời 42) từ năm 1993 đến nay.

Theo nhà nghiên cứu Huỳnh Minh, trước 1975 khá lâu, có một tay anh chị khét tiếng ở vùng Bà Chiểu đã đến tu tại chùa này, sau trở thành bậc Đại lão Hòa thượng, pháp danh là Thiện Minh [5].